DNA條形碼讓植物走出書(shū)本
手持一個(gè)植物DNA條形碼測定儀,即能迅速獲知路邊植物的準確名稱(chēng)和所歸科、屬等,這對于眾多植物愛(ài)好者來(lái)說(shuō)無(wú)疑是一個(gè)值得歡欣鼓舞的好消息。
一些植物學(xué)家們目前正致力于植物DNA條形碼的研究。他們認為,這樣一個(gè)簡(jiǎn)便、快捷的儀器離我們并不太遠。
DNA條形碼(DNA barcode)是指生物體內能夠代表該物種的DNA片段,具有標準、有足夠變異、易擴增且相對較短等特點(diǎn)。植物DNA條形碼的主要作用就是物種鑒定,尤其對一個(gè)區域內物種快速鑒定的作用很大。
此外,據中科院華南植物園分子生態(tài)研究組組長(cháng)葛學(xué)軍介紹,對于昆蟲(chóng)的食性,如普食性昆蟲(chóng)還是專(zhuān)一食性昆蟲(chóng),它們吃什么植物,以前很難進(jìn)行準確定性,僅靠觀(guān)察進(jìn)行估計。目前,可以采用植物DNA條形碼引物,從昆蟲(chóng)整體DNA中進(jìn)行擴增,然后對目標片段進(jìn)行序列測序、鑒定,從而了解昆蟲(chóng)的食物是什么。
植物DNA條形碼最早由加拿大皇家學(xué)會(huì )會(huì )員保羅?赫伯特等于2003年提出,如今已迅速成為生命科學(xué)和生物技術(shù)領(lǐng)域研究的前沿學(xué)科之一,被視為是對傳統物種鑒定的一個(gè)非常有利的補充,尤其是對采用傳統系統學(xué)方法難以鑒定的物種特別有用。例如,對于植物的幼苗、碎片、根系以及植物制成品(如茶飲料、中藥)等非常有用,未來(lái)在生命科學(xué)、法醫學(xué)、流行病學(xué)、醫藥、食品衛生安全等方面具有廣闊的應用前景。
中國的一些植物學(xué)家聯(lián)手,試圖依托中國西南野生生物種質(zhì)資源庫等已有積累,建立一個(gè)植物DNA條形碼的原始數據庫——條形碼“大廈”。
不過(guò),復雜繁多的植物多樣性,要以標準、統一的條形碼為代表,是一項艱巨的任務(wù),僅篩選基因條形碼一項內容就不簡(jiǎn)單。
日前,由中國科協(xié)主辦,云南省科學(xué)技術(shù)協(xié)會(huì )、中科院昆明植物研究所、云南省植物學(xué)會(huì )承辦,在于昆明舉行的中國科協(xié)第62期新觀(guān)點(diǎn)新學(xué)說(shuō)學(xué)術(shù)沙龍——“植物DNA條形碼前沿探討”上,中科院昆明植物研究所院重點(diǎn)實(shí)驗室副主任高連明表示,篩選基因條形碼必須遵循三個(gè)基本準則:第一,通用性,即所用條形碼在所有的生物類(lèi)型中都能夠擴增出來(lái);第二,序列的可讀性,測序后得出的序列質(zhì)量要好,既要擴增,還能夠測序;第三,物種的分辨率,所用條形碼必須要有一定的物種分辨率,能夠把物種分開(kāi)。
植物的進(jìn)化伴隨著(zhù)雜交和多倍化,多倍化即染色體數目加倍現象,由此形成一系列的變化。在這種情況下,研究人員嘗試以葉綠體基因代表母系、核基因代表雙親,由此一組基因做完,不僅可以把物種鑒定清楚,還有助于弄清該物種是否是雜交來(lái)源。中國植物條形碼委員會(huì )副主任、中國科學(xué)院植物研究所系統與進(jìn)化植物學(xué)國家重點(diǎn)實(shí)驗室主任汪小全表示:“在將來(lái),可能就是以葉綠體基因做主碼,這樣很容易鑒定到科屬和常見(jiàn)的、孤立的物種。”
未來(lái)植物DNA條形碼測定儀的應用正是基于這個(gè)條形碼“大廈”。軟件和網(wǎng)站構建出“大廈”的筋骨,除了要有DNA材料為填充,還必須要有規范的憑證標本內容,而且憑證標本還要有對應的地理信息(GIS),即標本采集地等信息。
國際生命條形碼委員會(huì )中國代表、中科院昆明植物研究所所長(cháng)李德銖指出,DNA條形碼可以解決很多問(wèn)題,但并不能包打天下。DNA條形碼的發(fā)展必須是在分類(lèi)學(xué)家的指導下,或者依托分類(lèi)學(xué)家去開(kāi)展,才能建起一個(gè)可靠的數據庫。
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