長(cháng)城在1987年被列入《世界遺產(chǎn)名錄》。當時(shí)，包括鄭孝燮、羅哲文在內的學(xué)者曾提出大運河也應該申遺，但囿于種種原因，運河一直沒(méi)有申遺。

　　2005年，聯(lián)合國教科文組織將遺存運河和文化線(xiàn)路列入了新的世界遺產(chǎn)種類(lèi)。在這樣的背景下，有著(zhù)“運河三老”之稱(chēng)的學(xué)者鄭孝燮、羅哲文、朱炳仁以《關(guān)于加快京杭大運河遺產(chǎn)保護和申遺工作》為題，聯(lián)名致信18個(gè)運河城市的市長(cháng)，呼吁加快京杭大運河申報世界文化遺產(chǎn)的工作，認為：“站在歷史的高度來(lái)看，京杭大運河的價(jià)值和風(fēng)貌千萬(wàn)不能在我們這一代人手中斷流。”

　　“過(guò)去運河申遺一直鼓不起勁來(lái)，對于運河究竟該怎么保護，尤其它是個(gè)活態(tài)的文化遺產(chǎn)，一直爭議很多。在運河上做點(diǎn)事情是牽一發(fā)而動(dòng)全身的，究竟誰(shuí)來(lái)掌舵，誰(shuí)來(lái)協(xié)調，這是個(gè)很大的困難，所以運河申遺一直很緩慢在前行。”朱炳仁這樣回憶。

　　由于經(jīng)濟價(jià)值的喪失，自覺(jué)去保護一條全長(cháng)1794公里、貫通五大水系的大運河，變得幾乎難以實(shí)現。從2006年開(kāi)始，有人提出“重新開(kāi)鑿運河”、“重建漕運總署衙門(mén)”，在山東濟寧召開(kāi)的一次運河大會(huì )上，有專(zhuān)家呼吁把整個(gè)運河重新挖出來(lái)；更早的時(shí)候，還有人提出要把大運河建成“水上高速”，包括開(kāi)挖被湮沒(méi)的古河道、重建分水工程等。

　　2006年3月，58位全國政協(xié)委員聯(lián)名向全國政協(xié)提交了《應高度重視京杭大運河的保護和啟動(dòng)申遺工作》的提案，呼吁啟動(dòng)對京杭大運河的搶救性保護工作，并在適當的時(shí)候申報世界文化遺產(chǎn)。

　　是年5月，全國政協(xié)組織專(zhuān)家考察京杭大運河保護與申遺活動(dòng)的情況，對運河全線(xiàn)進(jìn)行調查研究，并通過(guò)《京杭大運河保護與申遺杭州宣言》。這年12月，國家文物局公布了重設的《中國世界文化遺產(chǎn)預備名單》，將原先榜上無(wú)名的京杭大運河列在首位。

　　彼時(shí)的一個(gè)現實(shí)是，在運河沿線(xiàn)的各省市，基本上各自為政，處于散亂狀態(tài)，使大運河實(shí)際上成為各段各地的“小運河”。為此，大運河聯(lián)合申遺辦公室（下稱(chēng)“聯(lián)合申遺辦”）作為大運河保護與申遺城市聯(lián)盟在2007年6月成立。

　　當時(shí)，揚州、濟寧、無(wú)錫都在爭這個(gè)牽頭城市，另一個(gè)運河沿線(xiàn)的重要城市杭州則沒(méi)有提出申請。彼時(shí)的杭州正專(zhuān)注于西湖申遺，“如果杭州在當時(shí)提出申請的話(huà)，應該會(huì )很有競爭性。”杭州市運河綜保委副主任高小輝告訴時(shí)代周報記者。

　　“揚州、濟寧、無(wú)錫三個(gè)城市各有特點(diǎn)，但揚州的優(yōu)勢更明顯，現存的運河河道揚州最多、歷史關(guān)聯(lián)度最高。更重要的是，揚州地方政府對運河申遺十分熱心。”大運河聯(lián)合申遺辦副主任姜師立告訴時(shí)代周報記者。由此，揚州成為了大運河申報世界文化遺產(chǎn)的牽頭城市。

　　在國家文物局的組織下，2008年3月，大運河保護和申遺第一次工作會(huì )議在揚州召開(kāi)，明確了大運河申遺的工作方案，決定以城市聯(lián)盟的形式聯(lián)合申報世界文化遺產(chǎn)。會(huì )議還決定將通往河南洛陽(yáng)的隋唐大運河整合進(jìn)來(lái)，把“京杭大運河申遺”改稱(chēng)為“中國大運河申遺”，涉及城市則擴大到33個(gè)。

　　自大運河計劃申遺以來(lái)，“全線(xiàn)申報”還是“片段申報”，一直是各界廣泛探討和反復爭論的問(wèn)題之一，國外已列入世界遺產(chǎn)名錄的運河都是全線(xiàn)或整段申報，它們往往是保存完好的技術(shù)范例、風(fēng)景優(yōu)美的連續水道。

　　此外，文物界更大的爭議來(lái)自于：大運河究竟該保護什么？是河床還是沿線(xiàn)城鎮？是水工設施還是港口碼頭？那些已經(jīng)湮沒(méi)的地方怎么保護？那些干涸的老河床、排污的臭水溝怎么辦？那些已經(jīng)消失的水渠要不要重建？

　　對于大運河這樣龐大的遺產(chǎn)，如何像其他文物古跡一樣向人們整體展示，也成為一個(gè)難題。

　　“基于中國大運河各段河道特征各異、遺存面貌豐富的構成特點(diǎn)，我們主張選擇各河段的代表性段落構成系列遺產(chǎn)進(jìn)行申報，這是能夠滿(mǎn)足世界遺產(chǎn)有關(guān)真實(shí)性和完整性要求的優(yōu)選申報策略。”中國文化遺產(chǎn)研究院的一位人士如是介紹。

　　在反復討論中，專(zhuān)家學(xué)者們爭論焦點(diǎn)最終集中在是否將浙東運河列入申遺范圍。有專(zhuān)家表示，運河申遺重點(diǎn)在于人工痕跡，浙東運河作為一條自然河道，人工開(kāi)鑿痕跡顯然不多，自然不該列入運河申遺范圍。

　　有的專(zhuān)家則認為，浙東運河是目前大運河中自然和人工雙系統并存的唯一運河段，應該納入申遺范圍。“南宋時(shí)期，它是南宋王朝的生命線(xiàn)，漕米、食鹽和其他物品的運輸和人員往來(lái)等，都有依賴(lài)浙東運河。”大運河聯(lián)合申遺辦副主任姜師立告訴時(shí)代周報記者。

　　在多輪溝通后，意見(jiàn)逐漸統一。最終，浙東運河也被納入到了大運河申遺的范圍。

　　遴選確定申遺點(diǎn)

　　2009年4月，由國務(wù)院總牽頭，8個(gè)省市和13個(gè)部委聯(lián)合組成大運河保護和申遺省部際會(huì )商小組，正式建立省部協(xié)商機制。至此，大運河申遺上升為國家的意志和行動(dòng)。