館內擁有28萬(wàn)余件藏品，包括來(lái)自華東地區乃至全國及世界各地的自然界和人類(lèi)歷史遺物，分別隸屬于植物、動(dòng)物、古生物、地質(zhì)及人文五大類(lèi)，其中植物標本15萬(wàn)余件，哺乳動(dòng)物標本4千余件，魚(yú)類(lèi)、鳥(niǎo)類(lèi)、兩棲爬行類(lèi)各1萬(wàn)余件，昆蟲(chóng)標本近3.3萬(wàn)件，其他無(wú)脊椎標本5萬(wàn)余件，地質(zhì)標本5千余件，古生物8千余件，人文民俗類(lèi)3500余件。

　　除了實(shí)體場(chǎng)館之外，上海自然博物館還有一套以導覽和教育為主要功能的網(wǎng)上博物館應用系統，包括網(wǎng)站、APP和微信三大應用模塊。系統通過(guò)基于位置感知的漫游式WiFi定位，融合增強現實(shí)、交互體驗等新媒體技術(shù)開(kāi)發(fā)的資源，向公眾提供實(shí)時(shí)智能導覽和教育服務(wù)。觀(guān)眾可以在展覽現場(chǎng)通過(guò)APP進(jìn)行實(shí)時(shí)學(xué)習，與專(zhuān)家進(jìn)行在線(xiàn)交流討論，設定主題參觀(guān)路線(xiàn)，根據任務(wù)尋找感興趣的化石標本，并且可以在離開(kāi)博物館后通過(guò)博物館網(wǎng)站查詢(xún)游覽記錄。系統支持PC、手機、PAD等多終端訪(fǎng)問(wèn)，通過(guò)用戶(hù)UGC模式和專(zhuān)家PGC模式結合的方式，實(shí)現在線(xiàn)資源的自生長(cháng)。