生物多樣性公約的最高權力機構是締約方大會(huì )（COP），它由批準公約的各國政府（含地區經(jīng)濟一體化組織）組成，這個(gè)機構檢查公約的進(jìn)展，為成員國確定新的優(yōu)先保護重點(diǎn)，制定工作計劃。COP也可以修訂公約，建立顧問(wèn)專(zhuān)家組，檢查成員國遞交的進(jìn)展報告并與其它組織和公約開(kāi)展合作。

　　COP可以從公約建立的其它機構獲得專(zhuān)業(yè)知識和支持，如：

　　科學(xué)、技術(shù)和工藝咨詢(xún)附屬機構(SBSTTA)  SBSTTA是由來(lái)自成員國相關(guān)領(lǐng)域的專(zhuān)家組成，它在向COP提供科學(xué)和技術(shù)問(wèn)題建議方面起著(zhù)關(guān)鍵作用。

　　資料交換所機制 是基于因特網(wǎng)的促進(jìn)科技合作和信息的網(wǎng)絡(luò )。

　　秘書(shū)處 設在加拿大的蒙特利爾，與聯(lián)合國環(huán)境署緊密聯(lián)系，主要職能是組織會(huì )議、起草文獻、協(xié)助成員國履行工作計劃、與其它國際組織合作，收集和提供信息。此外，COP在其認為適當時(shí)可成立專(zhuān)門(mén)委員會(huì )或機制，COP于1996至1999年間成立了生物安全工作組，并成立了土著(zhù)知識和地方社區工作組。

　　全球環(huán)境基金（Global Environment Facility） 發(fā)展中國家在開(kāi)展與公約有關(guān)活動(dòng)時(shí)可以從公約的財務(wù)機制中獲得資助，如GEF。由聯(lián)合國環(huán)境規劃署（UNEP）、聯(lián)合國開(kāi)發(fā)計劃署（UNDP）和世界銀行支持的GEF項目在四個(gè)對全球環(huán)境具有重大作用的領(lǐng)域促進(jìn)國際合作并提供資助：生物多樣性的喪失、氣候改變、臭氧層耗竭和國際水資源的衰竭。到1999年末，GEF為120個(gè)國家的生物多樣性項目提供了近10億美元的資助。